Il est important de noter que ce regain de confiance envers son programme lui est fourni par le cardinal Maffeo Barberini qui est élu pape sous le nom d'Urbain VIII. Dans un premier temps, son élection réjouit Galilée, étant donné que ce pape florentin est ouvert aux sciences et aux arts. Son ouverture d'esprit se confirme dès le premier mois de son arrivée au pouvoir, il promet en effet de faire publier L'Essayeur. A ce moment toutes les conditions sont favorables à Galilée pour qu’enfin un début de discussion puisse être entrepris. Pourtant c’est le pire qui se produit pour le savant italien, il est convoqué devant le Saint Office en 1632. Comment ceci à t’il pu se produire alors que Galilée semblait avoir le soutien du chef de l’autorité ecclésiastique? Il est possible de donner plusieurs raisons à cet échec.
La première cause de cet insuccès est dû à un changement complet d’attitude du pape à l’égard de Galilée. Ce revirement inattendu s’explique en partie par les insinuations des adversaires du savant; ces derniers ont fini par convaincre le souverain pontife que Galilée s'est moqué de sa personne en l'assimilant à Simplicio, personnage de Le Dialogue(voir annexe), présenté comme piètre défenseur des théories anciennes. Bien que l’inventeur de la lunette astronomique tente d’expliquer que le protagoniste de son ouvrage doit en réalité être assimilé à un certain Simplicius de Cilicie il se retrouve dans une situation délicate.
La seconde explication à cet échec est d’ordre purement politique : Galilée à été une victime des conflits politiques et du besoin accru de puissance de certains hauts dignitaires. A cette époque Urbain VIII est l'objet de pressions et doit faire face à de nombreuses invectives qui l'accusent de protéger les hérétiques. Mêlées à ces accusations provenant de hautes personnalités, s'ajoutent des remarques émises par les catholiques qui soutiennent que le pape est rempli d'ambition personnelle. Face à ce danger et conscient de la précarité de sa position, Urbain VIII cherche une solution qui l'aiderait à s'extraire de cette passe difficile. Condamner Galilée permet tout d'abord au pape d'affaiblir le duc de Toscane, alors protecteur de Galilée, et donc indirectement de se venger des dirigeants espagnols qui le malmènent. En outre, sa prise de position montre qu'il est capable de sacrifier une amitié, pourtant très forte, à des intérêts supérieurs.
Se sentant soutenue par le pape, l'Eglise va durcir sa position vis à vis de Galilée : censure de Dialogue sur les deux grands systèmes du monde, assignation de Galilée à résidence, réexamen de son œuvre par les autorités religieuses. Enfin on peut noter que certains ecclésiastiques sont conscients de la dangerosité des propos énoncés par Galilée comme l’étaient certains scientifiques même si leurs raisons diffèrent. Il apparaît à tout lecteur avisé que le livre de Galilée est un texte ouvertement pro copernicien ou l’auteur raille implicitement le géocentrisme de Ptolémée. Galilée persuadé qu’il avait le soutien du pape a perdu toute méfiance et a bafoué l’interdit de 1616 (qui lui interdisait de parler du système de Copernic sans employer des propos hypothétiques). Cet écart va profiter aux adversaires du savant, car ils vont petit à petit convaincre de nombreux ecclésiastiques que Galilée par ses propos peut mettre à mal l’autorité de l’institution religieuse.